Постоје две методе стерилизације медицинских инструмената који се користе у хирургији, а то су стерилизација на високим температурама и стерилизација на ниским температурама.
1. Метода стерилизације на високој температури је употреба високе топлоте за денатурацију микробних протеина како би се постигла сврха убијања бактерија. Клинички се најчешће користи, а најчешће се користи стерилизација паром под притиском, која је погодна за инструменте и артикле који могу да издрже високу влажност и топлоту. Постоји и брза стерилизација паром, која се може користити за голе инструменте и предмете.
Друго, стерилизација на ниској температури, често користећи стерилизацију етилен оксидом. Највећа клиничка примена, предност је у томе што не оштећује стерилисане предмете, има јаку продорну моћ и има добар ефекат убијања микроорганизама. Нискотемпературна формалдехидна парна стерилизација може се користити за медицинске уређаје који не могу да издрже високе температуре.
