Различите методе стерилизације се бирају на основу различитих перформанси ендоскопских инструмената и њихових компоненти, као и релевантних информација које даје произвођач инструмената. ,
1. Стерилизација паром под високим притиском: Сви ендоскопски хируршки инструменти који се могу аутоклавирати треба да се стерилишу под високим притиском.
2. Етилен оксид: Етилен оксид има јаку моћ стерилизације, широко распрострањену стерилизацију, не оштећује предмете и има јаку моћ продирања. Није погодно користити пару под високим притиском за стерилизацију ендоскопских сочива, камера, снопова извора светлости, електрокоагулационих жица итд. Сви се могу стерилисати овом методом.
3. 2% намакање глутаралдехидом: користи се за стерилизацију ендоскопских инструмената потапањем. Потребно га је намакати 10 сати. Током намакања, спојеви инструмента морају бити отворени и лумен се мора напунити течношћу за намакање. Преостали медицински раствор се мора више пута испирати стерилном водом пре употребе.
4. Стерилизација медицинског стерилизатора.
